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Adicionalmente los zapatos de fútbol que utilizó el club en sus primeros años, confeccionados por David Arellano y un zapatero de apellido Navarrete, camisetas futbol baratas fueron los primeros en contar con un sistema de toperoles en Chile. Camiseta blanca, que representaría la pureza, pantalones negros, como símbolo de seriedad, medias azul marino con una franja blanca y zapatos negros con una franja roja, según proposición de David Arellano. En el año 1992, luego de la obtención de la Copa Libertadores, el emblema cambió su característico fondo azul por uno blanco, con bordes negros, para simbolizar los colores del uniforme. Esta imagen solo duró una temporada, ya que al año siguiente el emblema volvió a sus colores característicos. El primer himno oficial con coros y para banda militar fue compuesto de forma conjunta entre Carlos Casassus y Javier Renjifo y ejecutado por primera vez en 1941 con motivo del encuentro amistoso entre Colo-Colo y River Plate, campeones de Chile y Argentina ese año respectivamente. El 2 de abril de 1976 la dictadura destituyó formalmente a la directiva de Colo-Colo y entregó la administración de la Corporación al grupo económico BHC. 1976. Ese año, la elección por la presidencia enfrentó a Héctor Gálvez con Antonio Labán, expresidente del club, quien contaba con el apoyo del presidente de la Agrupación Nacional de Empleados Fiscales (ANEF) Tucapel Jiménez, reconocido opositor a la dictadura militar.

El fracaso del proyecto que buscaba convertir a los clubes de fútbol en sociedades anónimas, sumado a la deuda que arrastraba el club por la construcción de la obra gruesa del Estadio Monumental, provocó que BHC, quien había sido uno de los impulsores del proyecto de privatización, dejase la administración del club, que quedó sumido en serios problemas económicos. Colo-Colo ejerce de local en el Estadio Monumental, del cual es propietario. El 17 de febrero de 2021, Colo-Colo disputó uno de los partidos más importantes de su historia, en que se jugaba la permanencia en la Primera División ante la Universidad de Concepción, partido que finalmente logró vencer por 1-0 con un solitario gol del argentino Pablo Solari. Paradójicamente, al finalizar esa campaña descendió a Tercera división por problemas económicos. Tras el alejamiento de Labán en 1962, volvieron a producirse problemas internos en la institución, hasta que la situación se hizo insostenible en 1968, año en el que socios y dirigentes se dividieron entre adherentes y detractores del entonces presidente Guillermo Herrera. Durante la primera sesión formal de Colo-Colo, presidida por Juan Quiñones el 19 de abril de 1925, se acordó que el club fuese administrado por un directorio encabezado por un presidente elegido por los socios, siendo el primero de estos Alberto Parodi.

El uniforme del club fue definido por Juan Quiñones el propio 19 de abril de 1925, día de la fundación de la institución. En lo que respecta al uniforme alternativo, Colo-Colo ha usado diversos modelos y colores a lo largo de su historia deportiva. Desde la trágica muerte de Arellano en Valladolid, durante la gira internacional de 1927, la camiseta de Colo-Colo lleva un crespón, cinta horizontal de color negro, que representa el luto eterno de la institución a la partida de su fundador. A lo largo de su historia Colo-Colo ha tenido varios himnos. En lo que respecta a la letra, y al igual que en los himnos previos, es posible hallar referencias a la identidad e integración nacional, algo muy común en Chile en los años 1930 y 1940, período marcado por un fuerte nacionalismo. Para disminuir los costos del club, la dirigencia decidió reducir los incentivos monetarios que se pagaban a los futbolistas del primer equipo, lo que provocó un fuerte rechazo por parte de estos y de algunos dirigentes. En la junta general del 21 de enero de 1932, una parte de los socios declaró viciada la elección de Monroy y designó un consejo provisional para administrar el club, que fue encabezado por Carlos Haupt.

En los inicios del club, este jugaba de local en diversos recintos que no eran de su propiedad, como el Estadio El Llano, los Campos de Sports de Ñuñoa, el Estadio de Carabineros y el Estadio Santa Laura. Por otra parte, la pérdida de gran parte de las dependencias del club durante la quiebra, hacen que este no cuente con instalaciones para la masa societaria. Durante la primera mitad de los años 1980, las deudas que contrajo el club bajo la administración de BHC generaron una severa crisis, la que fue solucionada en parte gracias a la ayuda del Banco del Estado y un contrato con Televisión Nacional de Chile por los derechos de transmisión de los encuentros. A pesar de la dificultades, en los años 1950, gracias a las gestiones de Pedro Foncea y posteriormente Antonio Labán, el club continuó con su consolidación institucional y amplió sus actividades deportivas con la creación de las ramas de básquetbol y patinaje. Ante esta situación, el ente estatal de deportes DIGEDER, acogiéndose al Decreto de Ley N.º 349, denegó el permiso para realizar las elecciones.